| Visi Dan Misi Tujuan utama dari pendirian Lembaga Biologi Molekuler Eijkman adalah untuk memacu pengembangan bioteknologi nasional dengan membangun kemampuan dan budaya ilmiah yang kokoh sebagai landasan. Strategi umum yang dipesankan kepada Lembaga Eijkman untuk mencapai tujuan ini adalah dengan pertama mengembangkan diri sebagai pusat unggulan (centre of excellence) yang diakui secara nasional dan internasional berdasarkan kewenangan ilmiahnya. Kewenangan ilmiah inilah, berlawanan dengan kewenangan struktural, yang merupakan kunci untuk tahap selanjutnya cjimana kemampuan dan budaya ilmiah yang unggul ini ditular-luaskan secara nasional melalui efek bola salju (snowball effect). Misi Lembaga Eijkman adalah untuk meningkatkan pengetahuan mendasar dalam bidang biologi molekul, serta menerapkan pengetahuan tersebut untuk pemahaman, pencegahan dan pengobatan penyakit pada manusia.
Tujuan Khusus |
 | Memacu dan melaksanakan penelitian Fundamental yang diarahkan pada penerapan biologi molekul terutama dalam ilmu kedokteran. | Menyediakan fasilitas pendidikan pascasarjana yang bermutu internasional dalam biologi molekul dan rekayasa biomolekul. |  | |
 | Menjadi sumber daya nasional untuk keahlian dan teknologi mutakhir dalam biologi molekul. | Memacu perkembangan kemampuan bioteknologi di Indonesia dengan menjadi simpul utama dalam jaringan kerjasama ilmiah nasional. |  | |
 | Menggunakan teknologi tersebut untuk meningkatkan pengetahuan dalam pengenalan, pengobatan dan pencegahan penyakit. | Mendorong kerja sama ilmiah internasional dengan mengadakan hubungan kerja resmi dengan Institusi ilmiah asing dan dengan mengundang tamu ilmuwan asing. |  | |
 | Menghasilkan reagens baru dengan cara rekayasa biomolekul mutakhir untuk pengenalan dan pengobatan berbagai penyakit. | Menarik dana dari sumber dalam dan luar negeri berdasarkan pengakuan internasional atas keunggulan Lembaga. |  |
