Lembaga Eijkman adalah lembaga penelitian paling terpandang di dunia yang pernah didirikan di Indonesia. Sejak berdiri pada tahun 1888 sebagai laboratorium penelitian patologi dan bakteriologi, lembaga ini telah memiliki tradisi ilmiah yang mengagumkan. Disinilah Christiaan Eijkman, sebagai direkturnya yang pertama, mengawali penelitiannya yang berakhir deng an suatu penemuan besar mengenai hubungan antara defisiensi vitamin B1 dan beri-beri. Untuk penelitian mendasar ini, yang menjadi landasan konsep modern ilmu vitamin, Eijkman memenangkan hadiah Nobel pada tahun 1929. Laboratorium riset ini kemudian menjadi Laboratorium Pusat Kedokteran, don pada peringatan pendiriannya ke lima puluh, diberi nama Lembaga Eijkman.

Di puncak kejayaannya di awal abad ini, Lembaga Eijkman menjadi pusat penelitian kedokteran tropis terkemuka dunia, tetapi terpaksa ditutup di tahun 1960-an di tengah kemelut politik dan ekonomi setelah perjuangan kemerdekaan Indonesia.

Lembaga Eijkman dihidupkan kembali sebagai jawaban terhadap kebutuhan mendesak Indonesia akan adanya suatu lembaga penelitian biomedis yang mampu memanfaatkan perkembangan iptek yang pesat di bidang biologi molekul sel akhir-akhir ini; perkembangan yang telah memacu kemajuan luar biasa di bidang kedokteran don bioteknologi, dengan dampak industri don komersialnya. Bioteknologi merupakan prioritas utama dalam kebijakan iptek Indonesia. Dan landasan yang kokoh dalam kemampuan riset fundamental di bidang biologi molekul mutlak perlu untuk suksesnya pengembangan bioteknologi nasional.

Inisiatif untuk menghidupkan kembali Lembaga Eijkman sebagai medium untuk membangun sebuah lembaga penelitian terpandang didunia dalam bidang biologi molekul sel lahir di kantor Menteri Riset dan Teknologi, Profesor Dr. Ing. B.J. Habibie, pada bulan Agustus 1990.